土木工程一级学科成立距今已有50年的历史，1981年获得我国首批硕士学位授予权，分别于2001和2003年获得结构工程二级学科和土木工程一级学科博士学位授予权，建立了博士后流动站。该学科主要以工程结构抗震、减震和城市综合防灾减灾为研究特色，下设6个二级学科，其中结构工程为国家重点学科、防灾减灾及防护工程与市政工程分别为北京市重点学科和北京市重点建设学科。

交通运输工程一级学科成立于1978年(全国最早)、1981年获得交通运输规划与管理学科硕士学位授予权，其二级学科交通运输规划与管理为北京市重点学科。

水利工程一级学科在原华北水利水电学院北京研究生部基础上组建，2000年学校合并时具有水文学与水资源、水利水电工程和水力学与河流动力学等硕士点，2010年获得一级学科硕士学位授予权。

各学科围绕自己的研究方向展开了深入的研究，已形成了稳定而有特色的研究方向，包括：